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只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos”，通称IS。因为IS的问世，性别平等被破坏，世界变成女尊男卑的社会。

主人公织斑一夏在高中的入学考试时误入IS操纵者育成学校“IS学园”的考试会场，并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏，被政府强制就读向来只有女性的IS学园。

于是，织斑一夏从成为女校中的万红丛中一点绿，从他青梅竹马的剑道少女筱之之帚开始，不同国籍不同性格的少女们围绕着织斑一夏开始了一场波澜壮阔恋爱战斗剧场。

突然侵袭的敌人，IS隐藏的秘密，以及织斑一夏和少女们的恋爱故事究竟将如何发展？