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不久的未来，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，人们被驱逐至狭窄的领土并怀着恐惧与绝望苟且偷生。居住于东京地区的少年里见莲太郎是对抗原肠动物的专家“民警”一员，而他的搭档蓝原延珠则是一位有点早熟女孩子。以特殊能力战斗的两人某天接获了政府的特别命令，内容则是避免东京毁灭的高度机密任务……